外科治療便秘主要針對頑固性便秘。手術絕大部分情況稱為結腸次全切除，即無功能的腸部90%被切除，留下很短的一個通道，對頑固性便秘手術治療的效果較佳。 便秘是一個良性疾病，絕大部分情況無需手術。但多年的便秘，尤其是未經醫院內系統、規范治療的便秘，自行購藥服用，特別是一些刺激性藥物，可能開始有效，但會進一步影響腸道蠕動功能，此類患者即為頑固性便秘，服用各種藥物效果均不佳。腸鏡手術后可觀察到結腸病變，顏色變黑，部分患者在腸鏡上可觀察到豹紋征，即腸部正常情況較紅潤，但此時變成豹皮樣。