治療尿道炎沒有最好的藥，對癥治療的藥才是最好的藥。女性得了尿道炎后最常用的藥物是喹諾酮類的藥物，如諾氟沙星、氧氟沙星、莫西沙星這類的藥物。這些藥物是對女性尿路感染最常見的細菌，大腸桿菌有很好的殺滅作用。男性尿道如果是普通的尿路感染，可以用喹諾酮類藥物治。但如果是特殊細菌感染，如支原體、衣原體感染，建議采用阿奇霉素、克拉霉素這類大環內酯類藥物。如果淋球菌感染，可以口服沙星類的藥物進行治療；若采用針劑治療，可以采用頭孢類的藥物進行針劑的治療。因此男性病人如果是特異性的感染，還要采用不同的藥物進行治療。