細菌性尿道炎的治療，往往是以抗生素治療為主。在治療藥物的選擇上面，推薦頭孢類抗生素，也可以選擇喹諾酮類抗生素。細菌性尿道炎可以由普通細菌感染引起，比如大腸埃希菌、葡萄球菌、鏈球菌等，也可以由特異性細菌引起，比如奈瑟氏菌，即淋球菌性尿道炎。對于這類尿道炎，男性表現為排尿刺激癥狀和尿道分泌物，尋找具體的病原體，可以通過分泌物的涂片等檢查明確。如果炎癥波及到后尿道，患者可能會出現排尿梗阻癥狀，嚴重的時候會出現急性尿潴留。細菌感染也可能影響到周圍器官，比如前列腺、精囊。要求患者多飲水，注意休息，避免勞累，避免辛辣刺激食物以及酒精類飲料的攝入。暫停性生活，必要的時候性伴侶也進行治療，處理好自己的衣物、被褥等隨身物品，避免形成交叉感染。