乙肝大三陽的治療主要還是取決于肝功能的情況，是否處于免疫耐受期或者是活動性肝炎，以及通過影像學來判斷肝臟的形態，必要時還有可能做肝穿刺，了解肝炎或肝纖維化的情況。乙肝大三陽是指乙肝表面抗原、乙肝e抗原、乙肝核心抗體陽性，而病毒通常容易處于活躍復制狀態，在免疫耐受期，肝功能可以正常，除了病毒活躍復制之外，并沒有產生肝臟的炎癥性損傷，就不需要進行抗病毒藥物治療，建議定期檢查。乙肝大三陽檢查的項目包括腹部B超、乙肝病毒定量、肝功能、甲胎蛋白等。如果乙肝大三陽病人同時合并有肝功能異常，主要表現為轉氨酶的升高，如果升高超過正常值兩倍以上，則提示處于活動性肝炎，則需要開始抗病毒藥物治療，目前的抗病毒藥物主要包括口服核苷或核苷酸類似物以及干擾素，部分患者是通過口服藥物來進行治療，在進行抗病毒藥物治療的同時還可以采取保肝抗炎藥物等。