膽總管結石的癥狀主要是結石堵塞膽管，而引起腹痛、黃疸、寒戰、發熱，以及伴隨膽汁排出不暢，而導致消化不良、腹脹、厭油膩、惡心、乏力等。腹痛、寒戰、發熱、黃疸是急性梗阻性化膿性膽管炎的典型表現，多數是膽管結石引起，結石堵塞膽道，膽汁無法正常進入腸道繼而反流，膽道內壓力升高，合并細菌感染，會出現典型的三聯征。如果感染未及時控制，繼而發展成為感染中毒性休克，患者除明顯的腹痛、發熱、黃疸之外，還有可能會出現少尿、神志淡漠、血壓下降、四肢皮膚濕冷等感染中毒性休克的表現，若不及時治療則有生命危險。如果膽管內結石未完全堵塞膽管，但是膽汁排出不暢，在進食時，患者會出現腹脹、消化不良、上腹部隱隱不適。膽汁長時間影響脂肪的消化吸收，患者容易出現營養不良、體重下降等，長期的膽管結石刺激膽管壁，也會增加膽管癌變的風險。