耳根陣疼的原因比較多，分析如下：1、感染：如果是急性發生的，首先考慮是不是局部感染，如皮脂性堵塞后容易形成皮脂性囊腫，就會發生感染，這是最常見的原因；2、免疫力下降：勞累、疲勞、免疫力下降后，也會出現耳根陣痛，這種情況考慮是神經痛。因為耳根或者耳后部有個神經節叫耳后神經節，這個部位經常會有視神經病毒潛伏，包括皰疹病毒、巨細胞病毒等，因此在勞累、疲勞、免疫力下降以后，病毒就會活躍起來，出現神經發炎和神經痛的癥狀；3、中耳炎：若中耳炎經常發生會變成慢性中耳炎，也會在免疫力下降、中耳進水或者污染局部耳部后，出現復發或者中耳炎急性發作，這種情況下也會影響到耳根，出現耳根陣疼。