發生器官衰竭的處理方式不盡相同，如發生急性心力衰竭可以采取無創機械通氣，或者應用呋塞米利尿，或通過硝酸甘油、硝普鈉擴張血管，也可以應用強心藥進行搶救；如果發生急性呼吸衰竭，主要是通過呼吸機進行治療；而急性腎損傷，可以進行血液凈化治療。 如果是慢性的器官衰竭，通常可以進行藥物治療配合輔助的支持治療。多器官功能衰竭的患者通常病情比較重，預后比較差，一般需要到重癥監護室進行監護、綜合治療。在治療器官功能衰竭的同時一定要明確原發疾病，從源頭著手進行治療，可以取得較好的療效。因此，多器官功能衰竭一定要早期發現、早期治療，才能達到事半功倍的效果。