扁桃體是免疫器官。扁桃體含有各種淋巴組織，當機體受到各種細菌或病毒感染時，可以調用扁桃體周圍的淋巴細胞分泌抗體，增強機體抵抗力，使機體能抵御細菌或病毒感染。由于扁桃體位于口腔內，而口腔又是機體飲食和呼吸的第一個部位，所以外界食物或空氣內的細菌經常會帶到咽喉部。扁桃體如果發現細菌，會組成身體的第一道天然屏障，增強抵抗力。但是扁桃體的免疫作用僅在兒童時期，即6-7歲之前較明顯，6-7歲之后扁桃體會逐漸萎縮，特別是成人之后，扁桃體的免疫作用會消失。因此，如果成人扁桃體經常出現反復感染，臨床醫生通常建議切除。