細菌感染和病毒感染從發病機制、臨床表現，包括實驗室檢查和治療都有區別。細菌感染可以引起局部感染，比如常見化膿性扁桃體炎、肺炎，再比如還有腦膜炎、腸道感染、泌尿系感染，還有皮膚軟組織感染、骨關節感染和中樞感染。細菌感染也可以導致全身的感染，比如血流感染也就是通常敗血癥、感染性心內膜炎。細菌引起的感染可以表現為局部紅腫熱痛和化膿性改變。比如皮膚癤、癰，化膿性中耳炎，也可以有發熱、畏寒、寒戰等全身表現。細菌感染血常規可提示白細胞總數和中性粒細胞升高，C-反應蛋白、降鈣素原等細菌感染的指標也升高。影像學檢查也可以提示局部感染表現，比如肺炎、肝膿腫，對于細菌感染需要給予合理有效的抗菌藥物治療。 病毒感染，如呼吸道病毒可以引起上呼吸道感染，通常表現為咽痛、聲嘶，鼻塞、流涕、咳嗽、少痰。如果是流感還有發熱、頭痛，肌肉酸痛等全身表現，這種情況血白細胞通常不高或者降低。還有一些腸道的病毒，比如輪狀病毒、諾如病毒，可以引起病毒性的胃腸炎。這種情況和細菌性胃腸炎不同，多半是在秋冬季節多發水樣大便，大便沒有白細胞，血常規白細胞不高，這是病毒感染。其它的病毒性傳染病，如病毒性肝炎、風疹、水痘、腎病綜合征、出血熱等都有各自的特異性的表現。在治療方面，抗菌藥是對病毒感染無效，需要選擇性的應用抗病毒藥物。