肝膿腫最常見的病因是細菌感染引起的，因為肝臟內有多種通道，包含了膽管與腸道相通，還有肝動脈、門靜脈，可以通過這些管道途徑細菌進入肝臟，從而引起肝臟的化膿性病變。常見的膽道因素，如膽管結石、膽道蛔蟲等因素，會導致細菌逆行性感染，進入肝臟從而形成肝膿腫。此外其他部位的感染性的病灶，如化膿性的骨髓炎、中耳炎等。也有可能會經過血管肝動脈的途徑進入肝臟，從而引起相應的細菌性化膿性病變。此外一些門靜脈系統的分支，比如壞疽性的闌尾炎、痔核的感染，也有可能會通過細菌門靜脈的系統進入肝臟，從而導致肝臟的化膿性病變。另外也可以見于一些外傷，導致外傷將細菌直接帶入肝臟，從而形成相應的細菌性的肝膿腫。也有隱匿性的肝膿腫，常常是與糖尿病的相關。主要是肝內已經存在了隱匿性的感染，等到機體免疫力下降時，隱匿性的感染爆發，從而形成肝內的膿腫，主要是與糖尿病的患者免疫力比較低下相關。另外還有一些叫做阿米巴性肝膿腫，主要是與阿米巴腸炎相關。