小兒自閉癥的發病原因目前并未研究透徹，大多數學者認為自閉癥主要為遺傳因素和環境因素共同作用產生，且遺傳因素為主要原因。具體如下：1、遺傳因素：孩子因為遺傳因素出現自閉癥的占比可達80%-90%以上；2、大腦結構異常或功能異常：部分孩子大腦結構存在異常或者存在功能異常，比如部分自閉癥孩子可能存在小腦發育不良、胼胝體過小，或者其他腦干發育異常，都可導致孩子出現自閉癥；3、妊娠期異常因素：小兒自閉癥的發生，還與母親妊娠期間的異常因素有一定關系。比如母親如果為高齡孕婦妊娠，或者父親年齡較大。或者母親在妊娠期間接觸到特殊的病毒、藥物，以及長時間處于放射性物質的環境下，都會導致孩子發生自閉癥的幾率比其他兒童明顯增高；4、后天環境因素：后天的環境因素也可以誘發孩子出現自閉癥的可能。比如孩子在后天發育的過程中，家長未能及時在孩子身邊進行陪伴，長時間讓孩子獨處，無法及時跟孩子溝通交流，也是誘發孩子自閉癥的因素。