腸鏡進行病理檢查并不都很嚴重，根據具體情況而定。進行病理檢查主要因為臨床醫生看到腸鏡下表現和正常不一樣時，比如糜爛、出血、息肉樣隆起，甚至可能懷疑有癌癥等病變，都會取組織進行活檢，但大多數還是良性病變，不需要過度擔心。 良性病變主要包括結直腸慢性炎癥、結直腸炎性息肉，還有比較常見的是腺瘤，腺瘤是在息肉的基礎上出現非典型增生，這時可以診斷為腺瘤。最嚴重的情況是結直腸癌，但比較少見，不需要特別擔心。 還有部分少見的病變，比如炎癥性腸病也需要取病理，炎癥性腸病時取活檢反而會取很多組織，從小腸一直到結直腸都要取檢，這是取檢規范，不需要擔心，這是規范性的取檢。