嚴重的膽汁反流性胃炎，在治療上要針對膽汁反流進行處理。針對膽汁反流，需要用到的藥物，包括鋁碳酸鎂，具有比較好的中和膽汁酸作用，能夠起到比較好的、比較理想的治療作用。膽汁反流也可以用熊去氧膽酸藥物，適當改變膽汁酸成分，抑制疏水性膽汁酸，對膽汁反流有一定作用。對于膽汁反流，可以適當用促動力藥物，比如嗎丁啉(多潘立酮片?)、莫沙必利、伊托必利等，能夠起到一定的減輕膽汁反流作用，會對膽汁反流性胃炎起到一定治療作用，此為可以嘗試的辦法。對膽汁反流性胃炎的治療，上述藥物是基礎用藥，還要結合相應癥狀進行治療。如果癥狀比較重、比較明顯，有肌肉痛癥狀，則需要用抑酸藥物。如果有消化不良癥狀，比如胃脹、噯氣癥狀，可以用促消化的消化酶進行治療。總而言之，要針對患者相關的癥狀和病因，進行對應處理。