肝穿刺最主要的副作用就是容易引起出血、感染、膽瘺、肝動脈靜脈瘺、損傷肝臟周圍的組織器官等。1、出血：肝臟血供非常豐富，在肝穿刺的過程中，可能穿刺中某些重要的血管，從而引起大出血的可能，包括腹腔出血、腹壁出血、穿刺點出血等情況。密切注意走行方向，能夠有效地減少出血的概率；2、感染：在某些穿刺的情況下，可能導致肝內感染；3、膽瘺：肝臟膽道的損傷，可能導致膽汁外漏，從而引起膽瘺的發生。例如膽汁進入腹腔，從而引起腹腔的腹膜炎、腹腔感染等情況；4、肝動脈靜脈瘺：在穿刺的過程中，也可能導致肝動脈靜脈瘺。肝動脈穿刺后，穿刺肝靜脈，導致動脈血直接進入靜脈，會出現嚴重情況；5、損傷肝臟周圍的組織器官：如穿刺肺部，導致氣胸，或者穿刺膽囊下面的腎臟、結腸等，導致其它的組織、器官損傷，從而引起相應的并發癥；6、針道轉移：如果是肝腫瘤進行穿刺，要注意可能通過相應的針道轉移。