肝穿刺后副作用可能是出現局部疼痛，包括活檢部位不適，放射至右肩疼痛和短暫上腹痛，都屬正常情況，可適當進行鎮痛治療。只有極少數患者穿刺后出現有臨床意義出血，出血可在腹腔內、胸腔內或肝臟內。發生肝臟膽汁外漏或穿透膽囊可引起膽汁性腹膜炎，大多數并發癥都發生在活檢后3小時內。 經皮肝穿刺活檢有100余年歷史，近年由于穿刺器械和操作方法改進，并制定嚴格適應癥和禁忌癥，使經皮肝穿活檢取得較好標本，而且相對安全。