殺牙神經進行操作時會有疼痛，殺牙神經需要鉆開牙齒，將牙髓神經暴露，暴露之后再放置失活劑，讓失活劑對牙髓產生作用。在鉆開牙齒暴露牙髓的過程中會有疼痛，甚至是比較明顯的疼痛。因為牙髓神經對疼痛較為敏感，但是可以用局部麻醉緩解疼痛，只要麻藥使用恰當，即可極大緩解疼痛。在放置失活劑進入失活階段時，開始2-3天可能會有疼痛等不適感，但是2-3天之后疼痛會緩解。通常放置失活劑之后的1周左右，可以進入下一步的根管治療操作，在牙髓失活之后去除牙髓，則不會產生疼痛。