懷孕41天，對于月經周期相對較規律的孕婦，應該是5個孕周多，不到6周，在不到6周時有褐色分泌物，常見的情況如下：1、生理現象：正常妊娠也會出現陰道有褐色分泌物的情況，受精卵著床時可能有少量出血，緩慢地流出來，到患者能看見時便表現為褐色的分泌物，不代表絕對的異常；2、病理現象：需要判斷是否伴有腹痛，先兆流產也有出血的表現，但可能有些輕微或其他程度的腹痛。胚胎停育的早期表現也是如此，并且也有宮外孕的可能，所以41天時有褐色分泌物，需要綜合判斷，是否伴有腹痛，查血HCG值、孕酮，還需要做B超檢查，判斷宮內是否有胎囊、卵黃囊，若宮內沒有還要尋找宮外妊娠的可能，所以41天有褐色分泌物應去醫院檢查。