潰瘍性結腸炎最常見并發癥為中毒性巨結腸，重癥潰瘍性結腸炎患者中發生率約為5%。潰瘍性結腸炎本來是黏膜與黏膜下層病變，但中毒性巨結腸患者整個腸道全層黏膜均出現炎癥，出現急性擴張，引起中毒性表現，如腹痛、腹脹、發熱等，易出現腸穿孔。且中毒性巨結腸需緊急手術，但預后較差。 另一個常見并發癥是在潰瘍性結腸炎基礎上出現癌變，所以一般對于廣泛性結腸炎，8-10年以上或左半結腸炎15年以上，需兩年一次監測腸鏡，注意早期監測，可發現結腸癌變。再一個并發癥是腸大出血，約3%左右患者可以出現腸梗阻、腸穿孔，一般在中毒性巨結腸基礎上出現腸穿孔。