在臨床上治療扁平疣常常會用到液氮冷凍，而液氮冷凍比較表淺，所以一般情況下不會留下瘢痕，但是任何事情都不絕對，有一些個別的患者也會留下瘢痕。比如患者本身是一種瘢痕體質，液氮冷凍有的時候也會留下瘢痕。另外，皮膚本身愈合能力差的患者也可能會留下瘢痕。 如果扁平疣反復發作，長時間進行冷凍，或多或少也可能留下一些微小的瘢痕。一般在液氮冷凍后會留下色素沉著斑，或者色素減退斑，在臨床上可見到有褐色的斑片或者白色的斑片，該斑片需要很長時間才能夠去除，一般需要經過3-6個月的時間，才可能恢復到正常皮膚的顏色。