臉上進行扁平疣的激光治療，正常情況不會留下疤痕。激光治療只是針對扁平疣的疣體進行祛除，局部皮膚達到平整后，也就是與周圍正常皮膚高度一致，一般醫生不會繼續向深層進行治療。因為扁平疣本身的生長，很難一次達到徹底祛除，一般都需要2-3次治療，將殘留疣體以及新生出來的疣體祛掉。在進行激光治療疣體的同時，能夠殺滅其下方所含有感染的病毒有，可以預防局部再次復發。由于扁平疣所感染的病毒分布，無法用肉眼或用儀器進行測量，只能生長出新的疣體或疣體不再生長，才能確定扁平疣已經祛除干凈。患者應該保持自身清潔，對于密切接觸成員，比如家里人，以及經常會有密切接觸，皮膚相接觸的人員要注意，如果這類人群身上有扁平疣，要同時進行治療，才能明顯抑制扁平疣反彈。