雖然核磁共振是無輻射、綠色、環保的檢查方法，但在檢查前具有很多注意事項，如臨床醫生希望去進行頭部核磁共振檢查，患者需要向臨床醫生和核磁共振室人員說明以前是否做過電子或者人工金屬植入物，如人工耳蝸、心臟起搏器、胰島素泵、還有神經刺激電極等。這些必須得告訴臨床醫生和磁共振室工作人員，才能保證檢查能夠安全的進行。頭顱核磁共振先要注意患者在檢查過程中一定要去掉自己的活動假牙和金屬牙套，但如果患者有種植牙，沒必要拔掉，因為種植牙多是特殊合金，這些合金對磁場的影響非常小。 患者在檢查過程中可能會有噪音，可能會有發熱的感覺，這都是正常的現象，在檢查過程中不要太在意，這都是正常過程。在檢查結束后患者也不需要特殊處理，只需要帶好自己的條碼去取膠片取結果即可。但有特殊人群如孕婦，尤其是在懷孕三個月之內，需要提前聲明，雖然沒有足夠的證據證明核磁共振對于早期的胎兒形成有害，國家規定對胎兒三個月之內的核磁共振檢查有很嚴格的評估過程。為了保證大人和胎兒的安全，患者一定要提前聲明。