嗜酸乳桿菌是腸道的益生菌，嗜酸乳桿菌在醫學上，是使用嗜酸乳桿菌的口服制劑，這類藥物進入胃腸道之后，能在胃腸道中分解葡萄糖，從而產生乳酸。因此有利于調節胃腸道菌群，并且能促進其它有益菌的生長，同時能抑制致病菌的繁殖及生長。嗜酸乳桿菌還可以釋放部分抗毒素類的物質，這類物質對致病菌具有一定的拮抗作用，因此嗜酸乳桿菌，具有調節胃腸道菌群的作用。 臨床上使用嗜酸乳桿菌的口服制劑，主要用于改善胃腸道的菌群失調，可以用于消化不良及腹瀉的患者。嗜酸乳桿菌所制成的制劑藥品，因其屬于活菌制劑，因此在存放時應該避免高溫。嗜酸乳桿菌不能與抗生素同時使用，如果確實需要使用嗜酸乳桿菌和抗生素，一定要間隔開。