甲狀腺炎臨床上最常見的有兩種類型，亞急性甲狀腺炎和慢性淋巴細胞性甲狀腺炎。亞急性甲狀腺炎常是病毒感染以后誘發的自身免疫反應，常有上呼吸道感染，出現頸部疼、甲狀腺腫大、甲狀腺壓痛。亞急性甲狀腺炎是自限性的疾病，經過一段時間的療程以后，可以逐步的恢復。 慢性淋巴細胞性甲狀腺炎是自身免疫性的疾病，主要是機體針對甲狀腺細胞產生自身免疫性抗體，也就是甲狀腺過氧化物酶抗體和甲狀腺球蛋白抗體，抗體導致甲狀腺出現了慢性炎癥，嚴重的時候可以導致甲狀腺功能的減退。