一般腦血栓的恢復期在半年之內，部分患者在一年內也還會有部分恢復，通常腦血栓癥狀超過一年依舊未恢復，可稱為腦血栓后遺癥。患者后遺癥根據損傷部位及大小會有不同，表現也會有相應的不同。 首先有可能出現言語功能障礙，如失語、構音障礙、語言理解能力下降。其次為肢體偏癱，這也是最常見的臨床后遺癥，也是造成腦血栓患者最困擾的地方，因為偏癱會影響患者的運動及日常生活。部分患者會遺留飲水嗆咳，這種患者在進食流質飲食時，會出現明顯嗆咳，其中部分患者會出現反復的肺感染，需要長期插胃管進行鼻飼治療。腦血栓形成后，患者因長期臥床，可能會造成下肢靜脈血流循環障礙，造成下肢靜脈血栓形成等。