新生兒甲低治愈與預后取決于是否早期診斷、堅持治療以及病因有關先天性甲低伴有甲狀腺功能異常的兒童需要甲狀腺素終身治療，兒童正規治療2-3年后停藥1個月，復查甲狀腺功能和甲狀腺B超，如果甲狀腺功能正常可繼續停藥，并且定期隨訪觀察1年以上。如果TSH升高或FT4下降，就需甲狀腺素終身治療。具體如下： 1、兒童在新生兒期就做出早期診斷，并且堅持治療，身高和智力發育都會和同齡兒童相同； 2、兒童在6個月內才被診斷，則身高和同齡兒童相似，但智力落后； 3、如果兒童在7個月到1歲間才被診斷，智力和身高都會落后于同齡兒童； 4、兒童是先天性甲狀腺缺如，且母親在懷孕時也存在甲狀腺功能低下，即使出生后馬上開始治療，智力也很難達到正常水平。