如果皮脂腺囊腫發生感染，不可以進行手術，需先控制感染，如已形成膿腫，要切開引流，待炎癥完全消退后再考慮手術治療。因炎癥時進行手術往往無法徹底清除，且易復發。 若皮脂腺囊腫較大，類似花生米樣大小，需局部手術切除，且需將囊膜完整切除，不易復發。故如果懷疑皮脂腺囊腫發生惡變，應及早切除，經病理檢查確診，術后可輔助一定的局部放療達到根治效果。