臨床診斷陰莖短小的標準，為陰莖疲軟狀態＜4cm、牽拉長度＜7cm、勃起長度＜9cm稱之為陰莖短小，絕大多數男性都能夠達到正常的陰莖標準。陰莖短小要與其它疾病鑒別，比如埋藏陰莖、隱匿陰莖。常見體型較肥胖的患者主訴陰莖埋到皮下的脂肪當中，主要是由于肥胖皮下恥骨脂肪墊堆積，陰莖埋藏于脂肪墊當中，并不是真正意義的陰莖短小，稱之為埋藏陰莖，患者可采用減肥以及手術的方式改善陰莖的長度，要加以鑒別。