如何正確地測量陰莖長度十分關鍵，如果測量不準確，會使測量的長度低于真實值，造成陰莖短小的假象。使用直尺緊緊抵住恥骨聯合，將陰莖盡量拉直，使其長度大致等于陰莖充分勃起以后的長度，測量恥骨聯合到陰莖頭的全部距離。對于比較肥胖的人，或者是有隱匿性陰莖以及蹼狀陰莖的人，應該盡量推開脂肪和多余的組織，才能夠測量到真實值。否則厚厚的一層脂肪墊在下面，可能造成陰莖短小的假象。我國成年男性陰莖在靜息狀態下，平均長度是5-6cm，牽拉長度一般是11-13cm。如果按照正確的方法去測量，陰莖在靜息狀態下＜4cm，或者是前拉長度＜7cm，或者是充分勃起以后的長度，即有效長度＜9.5cm，一般認為是陰莖短小。對于小兒，各年齡段一般有陰莖長度的平均值。如果小兒的陰莖長度＜平均值加減2.5個標準差，通常認為是陰莖短小。