小睪丸癥最佳的治療時間，應當是從青春期開始。對于小睪丸癥，如果睪丸體積＜12ml，就認為睪丸的功能不良，會影響到生精和雄激素分泌。對于雄激素分泌，現代醫學可以通過用激素替代以及促雄激素分泌等方式來進行治療，通常治療的時機為青春期開始，并且進行相應激素維持治療。另外一個治療就是關于生育。由于小睪丸癥，生精功能受到影響，患者通常可以表現為少精子癥或者無精子癥。對于少精子癥和無精子癥，可以通過輔助生殖技術來進行治療，小睪丸癥的發病原因可以是先天性的，也可以是后天性的。先天性的原因通常見于克氏綜合征，以及先天性腎上腺皮質增生癥。而后天性通常是由手術或者創傷引起的睪丸萎縮，以及青春期的附睪睪丸炎，尤其是由于腮腺炎引起來的附睪睪丸炎，其他還可以見于自身免疫性疾病、重金屬中毒、營養狀態不好，以及大量地抽煙、喝酒等。