顱底脊索瘤一般需要進行CT以及顱腦增強磁共振檢查，有時需要進行顱腦CTA、MRA或MRV，甚至腦動脈造影。CT和顱腦增強磁共振主要觀察腫瘤的部位、具體侵犯范圍以及周圍重要結構。顱底脊索瘤常會破壞顱底骨質，CT在對骨破壞的評估方面優于磁共振，但磁共振對腫瘤侵犯范圍、周圍結構的判斷優于CT。 另外，顱底脊索瘤常會侵犯顱底頸內動脈、椎動脈、基底動脈，此時需要進行CTA，即動脈CT以及MRA檢查，MRV主要評估腫瘤對靜脈的侵犯情況。有時需要進行腦動脈造影，評估顱底動脈情況，以利于神經外科醫師制定手術計劃，保護此類結構。