艾滋病咽炎和正常咽炎的病因以及癥狀不同。艾滋病咽炎是由于艾滋病病毒感染引起，患者會出現咽部疼痛癥狀，還會出現高熱以及皮疹等。普通咽炎大部分由于上火以及咽部黏膜損害引起，患者不會出現皮疹。 艾滋病病毒可引起慢性特異性咽炎，患者會反復感染，不易治愈，以白色念珠菌感染最為常見，患者咽部紅腫或潰瘍，將白色黏膜刮片培養可見大量白色念珠菌。除白色念珠菌外，還可感染隱球菌、毛霉菌等。另外，艾滋病患者可以出現皰疹性咽炎，多由病毒感染引起，在咽部會有皰疹表現。 正常咽炎多由病毒或細菌感染引起，以咽喉黏膜充血、紅腫、血管擴張、漿液性滲出為主要癥狀。普通病毒引起的咽炎大多具有自愈性，細菌引起的咽炎經過抗生素治療也可以治愈。