慢性乙型肝炎的抗病毒藥物包括口服的核苷類抗病毒藥，以及通過皮下注射的干擾素。核苷類的抗病毒藥物包括恩替卡韋、富馬酸替諾福韋二吡呋酯、丙酚替諾福韋。這三種藥物的選擇要根據患者腎功能、年齡等具體情況，在專科醫生指導下應用。另外干擾素既有抗乙肝病毒作用，也有抗纖維化和預防肝癌的作用，尤其是對于有肝硬化、肝癌家族史的年輕患者，可考慮選擇，但是應除外肝硬化或者失代償期肝硬化的情況。有早期肝硬化的患者，也可以考慮干擾素治療，需在專科醫生指導下選擇藥物，必須要定期隨訪。慢性乙型病毒性肝炎的治療，要根據患者乙肝病毒的復制情況，以及是否對肝臟造成明顯損傷，判斷是否需要治療。需化驗乙肝五項、HBV-DNA、肝功能、血常規、甲胎蛋白以及腎功能，做肝、膽、脾彩超。通過這些檢查來判斷乙肝病毒復制是否活躍，對肝臟是否造成明顯損傷，包括炎癥損傷和纖維組織增生。如果這些檢查還不足以做出判斷，可進一步做肝彈性檢查，即肝臟瞬時彈性成像，甚至可以行肝組織活檢，幫助做出判斷。如果乙肝病毒復制活躍，對肝臟造成的損傷較明顯，肝臟炎癥損傷達到了二級或者二級以上，纖維組織增生達到二期甚至以上，或者有肝硬化和肝癌家族史，甚至包括乙肝病毒的肝外損傷。此時要啟動乙肝的抗病毒治療，從而涉及到首選藥物。