小腦梗死和其它類型腦梗死病因一致，按目前臨床上廣泛應用的TOAST分型，病因可以分為5大類型，分別是大動脈粥樣硬化、心源性栓塞、小動脈閉塞，還有其它明確病因和不明原因型。首先最常見的是大動脈粥樣硬化，根本病因是動脈粥樣硬化、高齡、高血壓、高脂血癥、糖尿病、吸煙等，都是危險因素。 其次是心源性腦栓塞，最常見的病因是非瓣膜性心房顫動，約占心源性腦栓塞的50%。其它病因包括風濕性心臟病、急性心肌梗死、左心室血栓、充血性心力衰竭、人工心臟瓣膜、擴張型心肌病、感染性心內膜炎等。 再次是小動脈閉塞，主要病因是小動脈硬化。除常見病因，還有其它少見病因，如凝血障礙性疾病、血液成分改變，以及各種原因引起的血管炎、血管畸形等。