真菌性甲癬通常指甲癬、甲真菌病，因為甲癬是由一組真菌感染引起，主要是皮膚癬菌。甲真菌病的真菌更為寬泛，包括皮膚癬菌、霉菌、酵母菌等，但臨床最多見為甲癬。具體屬于何種真菌感染，需要做培養試驗，甚至做藥敏試驗，進一步選擇更好的藥物。 首先口服藥物，因為外用藥較難到達指甲真菌感染的深部。口服藥物的作用機理是藥物通過機體到達甲板、甲床、皮膚等位置，可以將真菌殺滅。新長出指甲不再被真菌感染，從而達到甲癬或甲真菌病的治療目的。 現在主要的口服藥包括特比萘芬，即丙烯胺類藥物，還有唑類的伊曲康唑。外用藥對于不能服藥患者而言可以使用，包括阿莫羅芬或環吡酮胺等。但外用藥的作用與口服藥相比較差，一般不能口服藥物或甲癬淺表、較輕、位于前端的患者，可以選擇外用藥進行治療。