埋線是傳統針刺療法和現代醫學的有機結合，所以通常不存在副作用。埋線的作用機理，是將線埋入穴位后在局部組織產生理化反應。另外線體埋入穴位后，吸收需要一定時間，這樣可以對穴位產生持久的刺激作用，從而激發人體精氣，達到治愈疾病的目的。 如果按照操作規范進行埋線，通常不會存在副作用。另外隨科技進步，膠原蛋白線已經取代傳統的羊腸線，其吸收較好，且安全不過敏。