小肚子總是隱隱作痛，常見以下原因：一、小腸病變：1、腫瘤：小腸有間質瘤、淋巴瘤或小腸腺癌等，均會引起小肚子隱隱作痛；2、炎性病變：如腸結核、克羅恩病等，也會引起小肚子疼痛；3、小腸功能紊亂：腸功能紊亂時，小腸會有脹痛或陣發性疼痛。二、直腸、乙狀結腸病變：1、腫瘤：直腸、乙狀結腸有腫瘤，如直腸癌、乙狀結腸癌、直腸腺瘤、乙狀結腸腺瘤等，均會引起小肚子隱隱作痛；5、炎癥：常見的有潰瘍性結腸炎，一般會伴隨膿血便，每天3-4次，且伴有小腹疼痛感。三、盆腔器官病變：1、膀胱性病變如膀胱腫瘤、膀胱炎癥；2、男性前列腺、精囊腺有腫瘤、炎癥；3、女性卵巢、子宮有腫瘤、炎癥時，小肚子也會出現隱隱作痛情況。