緊急避孕藥主要副作用是可能會造成造成月經紊亂及宮外孕。月經紊亂持續時間通常在1個月左右。緊急避孕藥是高效孕激素，會影響到下次的月經來潮，使下次月經提前或推后，或者使下次月經經期延長。通常時間為1個月左右，會影響下次的月經，但是不會影響下下次的月經。因此，在一次月經過后，緊急避孕藥副作用就不會再有影響。其次，服用緊急避孕藥后可能會造成宮外孕。與月經紊亂相比，宮外孕是較危險的副作用，使用緊急避孕藥后，一定不能掉以輕心，要注意檢查，如果發現已經懷孕，要特別小心宮外孕可能。宮外孕屬于婦科急癥，更要注意及早發現，以免影響危及生命。