吃緊急避孕藥最主要的副作用是容易引起內分泌的紊亂。緊急避孕藥是在沒有保護的情況下同房以后比較積極的一種避孕措施，這種方式不是100%能夠達到避孕，因此有很多人吃緊急避孕藥以后仍舊懷孕。緊急避孕藥比長期口服的短效避孕藥的效果差，長期吃口服的短效避孕藥的效果能達到99.9%。然而緊急避孕藥即便是最好的情況下也不能達到這樣好的效果，可能有10%-15%的失敗率，失敗就是一種危害。 緊急避孕藥的副作用除比普通，短效，長效的避孕藥的安全性差以外，緊急避孕藥也會引起內分泌的失調。因為緊急避孕藥含有雌、孕激素，干擾孕囊著床的過程，會導致異常的陰道出血、月經不調，也就是在不該來月經的時候提前或者滯后出現不規則的陰道出血。一年之內最好口服不要超過三次的緊急避孕，所以緊急避孕藥除非萬不得已，一般情況下不要服用。 此外，推薦采取一種長期使用，穩定而又可靠的避孕方式，比如口服短效的避孕藥。已婚已育的婦女可以使用避孕環或者是避孕皮埋，能夠起到對生育力的保護作用。