卵巢囊腫與生育原則上無太大關系。因卵巢除包塊外還有正常組織，且一側囊腫，另外一側為正常卵巢。因此機體只要能夠排卵，有受精卵種植，基本可懷孕。小型巧囊還可選擇懷孕達到治療目的。如果為生理性囊腫，卵泡長大排卵后方可懷孕。因此卵巢囊腫需到醫院就診，大夫評估時生理性還是病理性囊腫后再考慮能否懷孕。 病理性囊腫包括內膜異位、漿液性、黏液性囊腫以及畸胎瘤。B超大夫可提供一定意見，原則上真性卵巢囊腫建議手術后再進行懷孕，但巧克力囊腫除外。巧克力囊腫患者建議直接懷孕，妊娠后可不用進行手術，囊腫會自行萎縮。但其它真性卵巢腫物在懷孕期間可發生扭轉需在妊娠期進行手術治療。