巧克力卵巢囊腫的情況下有可能會懷孕，但是每個人的個體差異不同，懷孕的機會會有所下降。因為巧克力囊腫是具有活性的子宮內膜細胞種植在卵巢局部，隨著每次來月經，子宮內膜脫落出血，巧克力囊腫局部也會出現出血的現象，天長日久就會在卵巢局部形成囊腫。這種囊腫手術切開以后，會發現內部類似于巧克力醬一樣，所以稱為巧克力囊腫。當巧克力囊腫在卵巢局部的情況下，就會引起卵泡壁變厚，而影響排卵，會引起排卵功能障礙。所以在臨床上可能會懷孕，但是會受到一定影響。因此對于巧克力囊腫，建議如果直徑＞4cm，可以考慮手術進行治療，并且在手術之后盡快考慮懷孕。因為巧克力囊腫通常有復發的可能性，如果囊腫直徑相對比較小的情況下，也可以保守進行治療。