小便出現刺痛且尿不盡，常見問題是泌尿系統感染，尤其是下尿路感染，患者會出現排尿的刺激癥狀。對于下尿路感染，主要治療是抗菌素治療，根據尿培養結果選擇敏感抗生素。臨床上目前推薦的抗菌素包括磷霉素氨丁三醇、匹美西林、呋喃妥因、喹諾酮類、第二代和第三代頭孢菌素。除此之外對于癥狀的控制，還可以應用黃酮哌酯類的藥物或M受體阻滯劑，必要時應用碳酸氫鈉堿化尿液，也都能起到減輕癥狀的目的。如果經治療癥狀改善不明顯或出現進行性加重，就要考慮存在有特異性感染的可能。特異性感染常見泌尿系統結核，對結核則需要進行抗結核藥物治療，目前通常采用的藥物是利福平、雷米封、吡嗪酰胺等藥物，一般三聯或者四聯用藥，必要時行手術治療。除此之外要考慮其他問題引起的小便刺痛以及尿不盡的癥狀，如男性生殖系統疾病，主要治療是以抗生素治療為主。其他少見的情況是結石，需要在影像學診斷清楚以后，以手術治療為主。