部分患兒做完腭裂手術后可能還需要進行二期整復，包括初次腭裂手術之后仍然存在影響語音結構功能異常，但腭裂術后軟腭本身功能不全或影響語音清晰度的腭瘺治療，腭裂手術目的是關閉裂隙恢復正常的腭咽閉合功能，為正常的語音創造條件。但并不是所有的腭裂患兒通過一次手術就能夠完全恢復，由于多方面的影響，由于畸形類型、畸形程度、軟腭發育、醫生技術、術后護理等，還有手術年齡都可能造成一次手術達不到腭咽閉合功能的目的。如果出現并發癥影響腭咽閉合功能，并通過機能訓練又無法改善，需要考慮二次腭裂手術。腭裂二期整復的時機一般在初期腭裂手術1年以后，即第一次腭裂手術1年以后，但對于比較嚴重的復裂需要盡快再次手術，至少要上次手術后4-6個月以后才能再做。 腭裂二期整復的內容主要包括重建具有理想功能腭帆提肌的吊環，消除影響語音和口腔封閉的腭瘺，對于咽腔深大、軟腭短小的患者，應進行軟腭后推，對于嚴重的腭裂以及肌肉瘢痕進行松解。腭裂整復術另外一個目的是減少之后的咽成形術，因為早做，閉合功能恢復，不需要之后做咽成形術。因為咽成形術畢竟是非生理性結構，做腭成形術是生理性結構，所以盡量做二期整復以后就避免再次咽成形術，讓患兒腭咽閉合功能形式是在生理性的正常結構下進行，這就是做二期的目的。