第三腦室向上與雙側側腦室連接，向下通過中腦導水管與第四腦室連接，周圍由間腦構成，包括丘腦、下丘腦等。第三腦室空間相對狹小，蛛網膜顆粒分泌的腦脊液通過側腦室、第三腦室、導水管、第四腦室向整個大腦進行循環，循環的腦脊液可對腦部進行保護作用。另外對于第三腦室的病變，包括以下兩種：1、梗阻：患者可出現雙側腦室擴張，進而引起頭疼、惡心、視力下降等，通常此類疾病發病較為緩慢；2、腫瘤：第三腦室腫瘤通常可導致患者突發性意識喪失，可能與體位有關，由于第三腦室腫瘤阻塞腦脊液循環通路，從而引起顱內壓突然變化，進而導致患者突發性意識喪失。所以第三腦室是溝通腦脊液循環的重要通道。