角膜內皮失代償的治療方法主要有以下幾種：1、藥物：早期依賴于藥物治療，內皮失代償后形成角膜明顯的水腫，早期可使用高滲劑，如高濃度葡萄糖、等滲鹽或等張鹽水進行滴眼，甚至包括20%的甘露醇、速尿靜推，使角膜水腫清除；2、手術：晚期依賴于手術治療，內皮細胞上有鈉鉀泵，可使角膜組織內多余水分排出前房、角膜，維持角膜透明性。若內皮細胞數量不足或大部分功能喪失，鈉鉀離子泵喪失功能性，六邊形的內皮細胞大量丟失，只留下部分衰老的細胞，此時處于晚期。在藥物治療1個月后仍然無效，通過內皮鏡證實內皮細胞數量不足時，可進行角膜內皮細胞的移植，即內皮細胞移植手術，目前臨床應用較為成熟且效果較好。