腎臟囊腫穿刺手術是治療腎臟囊腫的不盡傳統或者相對古老的方法，不需要住院，一般在門診手術即可。常規是在B超引導下，確認腎臟囊腫最為寬廣的部位，以及經皮穿刺最易到達的部位。局部麻醉后用細長的針管，經皮穿刺至腎臟囊腫的部位，將囊腫液徹底吸出，然后用無水酒精進行灌注，灌注之后，保留幾分鐘即可全部抽出。這種手術的優點是創傷小、不需要住院，費用也比較低，缺點是復發率較高。因為此手術只是取一個很小的穿刺點，這個穿刺點很容易再封閉。另外用無水酒精、碘伏這一類的消毒，或者高滲的液體灌注時，也只是期望能夠殺死腎臟囊腫表面有分泌功能的上皮。但事實上針對較大體積的腎臟囊腫，采取腎臟囊腫穿刺手術，也很難取得滿意的療效。因此目前臨床上越來越少用腎臟囊腫的穿刺手術，更多的是采用腹腔鏡微創手術的方法，將腎臟囊腫突出腎外的部分完全切除。這樣一方面即使產生了囊液，也可以在腎周圍得到充分吸收；另一方面復發率降低得非常明顯，很少有患者會在術后復發。