耳廓囊腫手術因為需要在環境干凈、清潔的手術室進行，所以患者通常需要住院。耳廓囊腫因為沒有囊壁，所以并不是真正意義上的囊腫，是一種軟骨間的積液，手術需要切除囊腔的前壁軟骨，切除后還要在囊腔的地方放置引流片，并使用繃帶加壓包扎2-3天。由于耳廓囊腫手術對手術環境要求比較高，同時耳廓軟骨的抗感染能力較差，因此如果在門診切除囊腫，一旦造成感染，并引起化膿性軟骨膜炎，可能會產生無法挽回的后果。因為耳廓軟骨膜炎導致軟骨吸收、破壞，可形成菜花耳，因此一旦形成便很難保證患者耳廓的外形。