小兒畸胎瘤手術臨床常見以下幾種風險：1、常規手術風險：包括麻醉風險，患兒本身身體條件和器官功能存在的風險，以及傷口感染風險；2、器官功能風險：如果是卵巢惡性腫瘤，切除一側卵巢，只剩對側卵巢，可能會損傷性腺功能。畸胎瘤可以長在身體中軸線上，如骶尾部、腹膜后，卵巢、睪丸以及縱隔等，不同部位存在不同風險，常見風險還取決于個體腫瘤大小，腫瘤和周圍臟器有無浸潤，周圍血管有無包。如果腫瘤包繞血管，醫生術前會分析患兒  CT影像，進行手術規劃，既要將腫瘤切除，又要保護好血管、周圍受浸潤的臟器。對于惡性畸胎瘤，比如惡性畸胎瘤Ⅲ期、惡性畸胎瘤Ⅳ期，如果其他身體部位有轉移，局部有浸潤，這時可以先進行活檢手術，通過活檢手術病理診斷，化療腫瘤縮小后再進行切除手術。