黏膜下肌瘤通常需要手術處理，將肌瘤摘除。還應觀察黏膜下肌瘤突出的程度，因為黏膜下肌瘤也是從肌壁間生長起來，肌瘤長出后，突向宮腔的方向，突出的程度可以不一樣，比如肌瘤，有可能突出20%-30%，也有可能突出到70%-80%，還有的肌瘤完全突向宮腔，僅是有一個蒂部和肌壁相連。對于小部分突出的肌瘤，如果肌瘤較小，通常不需要處理。對于大部分突向宮腔的肌瘤，比如有50%以上的肌瘤突向宮腔，此時就需要進行手術治療，手術也較簡單，使用宮腔鏡電切，經過陰道進行，通過陰道、宮頸，將電切鏡放到宮腔，切除黏膜下肌瘤。手術因為經過自然的陰道，沒有多余創傷，屬于微創手術。但對于較大的肌瘤手術，操作起來較困難，需要有經驗的醫生進行手術。