甲狀腺結節發生疼痛的原因主要有以下幾種：1、結節壓迫：甲狀腺結節有一定的包膜與張力，結節壓迫周圍的甲狀腺腺泡組織，有可能會產生一定的疼痛，但是疼痛感一般比較輕；2、甲狀腺炎癥：甲狀腺的急性細菌性炎癥比較少見，在甲狀腺炎癥當中，亞急性甲狀腺炎較為常見。患者一般在癥狀發作之前1-2周，可能有上呼吸道感染的病史，感染波及甲狀腺，會造成亞急性甲狀腺炎。其原因并不是細菌感染，而是感染導致的甲狀腺濾泡破壞，患者往往會出現甲狀腺結節的明顯疼痛；3、甲狀腺結節囊內出血：甲狀腺結節突然增大，會覺得疼痛，是由于甲狀腺結節囊內出血。由于局部壓力突然升高，比如劇烈咳嗽使局部的壓力升高，導致腺塊破裂、出血，結節在短時間內會明顯增大，同時由于囊內出血，也會產生明顯的疼痛癥狀。