陰莖根部的硬塊摸起來疼痛，具體有以下幾種情況：1、陰莖硬結癥：陰莖硬結癥是一種不明原因的疾病，有些創傷、炎癥愈合以后形成纖維化，或是自身免疫性疾病，表現為局部的硬結，呈塊狀、條索狀。有時腫塊局限在一側，有時局限在兩側，腫塊可以明顯觸及，當觸及腫塊時出現疼痛，治療目前沒有特別好的辦法。常用的辦法是免疫治療以及激素、抗生素、維生素的應用，也可以局部用一些長效的糖皮質激素類，最近有新的方法是利用低能量沖擊波，對陰莖炎的治療有比較好的效果；2、尿道結石：常伴隨有排尿帶血、排尿刺痛、尿滴瀝、尿不盡等，患者一般有泌尿系結石的病史，伴隨突然中斷排尿，而且明顯疼痛，經過彩超檢查，可以發現在后尿道有結石嵌頓。結石來源大多是腎臟和輸尿管結石，多發于男性平時飲水少，活動時尿結石嵌頓在后尿道引起。